生化培菌的周期取决于废水的水温和水质。水温高于15℃以上时，培菌的过程较快，水温低于15℃以下时则污泥驯化时间较长，因此污泥的培养驯化应尽量选择在5-11月期间（长江流域）进行。就废水的水质而言，无毒无害、易生物降解的废水，其生化培菌的时间一般在10-20天，而有毒有害、难生物降解的废水，则需要一个较长的过程，约需30-60天，甚至更长。
在清水调试完成后，对于可生化性能较好的废水，可以直接用废水驯化微生物；对于化工废水或可生化性能比较差的废水则应采取分步培菌法，具体步骤如下：
（1）快速增殖。快速增殖的目的是使污泥迅速生长到填料上去。一般来说，采购来的污泥在脱水或运输过程中，微生物都会有不同程度的受损，它们在新的环境中有一个恢复和生长的过程，需要有一个好的生存环境。如果这时直接用化工废水驯化，其结果必然会导致微生物大量死亡。因此第一阶段可用生活污水或葡萄糖或干面粉烧制的熟浆糊（初始3-5天内，每100m3生化池容积可按投加5-10公斤干面粉的比例投放）来培菌，每天曝气两次，好氧池每次曝气8小时，使微生物快速恢复和生长繁殖，这种方法称为快速增殖法。快速增殖期间生化池内的废水可以通过污泥驯化管排放，放水前先停止曝气，待污泥沉降4-8小时后再放水。快速增殖期一般为7-10天。
生化池在运行过程中，当微生物一旦受到负荷冲击，COD去除率或SV突然下降时，也可以采用快速增殖法来帮助微生物恢复和生长。
（2）废水驯化。污泥生长到填料上去以后，每天在100m3生化池内加入的干面粉可增加至20-30kg公斤，同时在生化池内泵入生化进水或废水。初始废水的进水量可按每100m3生化池容积的1-2%的比例泵入，以后每二天按2%的比例逐步增中废水的泵入量，直至达到设计的废水进水量。随着废水泵入量的逐渐增加，葡萄糖或干面粉的投加量或生活污水的泵入量应相应减少直到停止投加，或者可按比例投加废酒精（1公斤废酒精按1.5公斤COD计）。
培菌驯化期间，必须每天测定COD，如发现COD去除率或SV突然下降，则应立即停止废水的递增进水量，直至COD去除率回升至50%以上和SV不再下降。
好氧池正常进废水时，COD去除率能保持在80%以上，处理出水COD浓度在200mg/L以下，则可以认为生化池已开始工作正常。
在污泥驯化期间切忌负荷（如大水量、高浓度）冲击，培菌完成以后，即可进行正常的运作。